L'ADN environnemental ou comment obtenir une photo du vivant
Trois agents de l’unité mixte de recherche MARBEC (MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation) de l’Université de Montpellier étaient à bord de Mobula, la vedette du Parc naturel marin, afin d’échantillonner de l’eau de mer en vue de déterminer les espèces de poissons et de crustacés présentes à proximité au moment du prélèvement.
C’est en longeant le cap Cerbère, Port-Vendres et les falaises de Leucate à faible vitesse que l’eau de mer a été filtrée. Conservé à l’obscurité dans une solution liquide stabilisatrice, le filtre utilisé sera par la suite envoyé au laboratoire SPYGEN (Le Bourget du lac, France) qui procèdera à l’analyse des fragments d’ADN collectés : sécrétions, écailles dégradées, mucus...
Prélèvement d'eau de mer par une agent de l'unité mixte de recherche Marbec (Université de Montpellier)
Marie Morineaux / Office français de la biodiversité
Prélèvement d'eau de mer par une agent de l'unité mixte de recherche Marbec (Université de Montpellier)
Marie Morineaux / Office français de la biodiversité
Conditionnement du filtre d'eau de mer échantillonné pour l'analyse d'ADN
Marie Morineaux / Office français de la biodiversité
Conditionnement du filtre d'eau de mer échantillonné pour l'analyse d'ADN
Marie Morineaux / Office français de la biodiversité
En Méditerranée, plus de 75% des génomes sur les 600 espèces de poissons recencées ont été répertoriés dans une base de référence. Cette dernière permet d'obtenir une liste précise des espèces de poissons osseux et cartilagineux présents sur les sites échantillonnés.
Les listes des espèces de crustacés et de mammifères marins, dont les marqueurs sont en développement, seront aussi obtenues par la suite, bien que probablement moins précises.
Non destructrice, non invasive et moins coûteuse qu’auparavant, la technologie du metabarcoding de l'ADN environnemental se développe à grands pas et permet de compléter les suivis sous-marins des agents du Parc, en offrant une image assez complète des espèces présentes à l’instant où sont prélevés les échantillons.
D'autres sites sont également échantillonnés offrant aux chercheurs et gestionnaires des comparaisons possibles dans le temps et dans l’espace et permettant la comparaison des résultats entre les différents niveaux de protection établis.
Parmi les sites échantillonnés : la Réserve naturelle marine de Cerbère-Banyuls, le Parc national des Calanques, les cantonnements de pêche de Calvi, de Saint-Raphaël et de Saint-Florent, l’aire marine protégée de la côte bleue, Porquerolles et Bonifacio.
Echantillon d'eau de mer filtrée en vue de l'analyse de l'ADN présent.
Marie Morineaux / Office français de la biodiversité
Echantillon d'eau de mer filtrée en vue de l'analyse de l'ADN présent.
Marie Morineaux / Office français de la biodiversité
Marie Morineaux / Office français de la biodiversité
Pour en savoir plus
L'unité mixte de recherche Marbec (MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation) de l’Université de Montpellier : https://umr-marbec.fr/