La posidonie (Posidonia oceanica) et la cymodocée (Cymodocea nodosa) sont deux espèces à protection nationale :

Il interdit « en tout temps et sur tout le territoire national de détruire, de colporter, de mettre en vente, […] et d’utiliser tout ou partie de spécimens sauvages » de ces espèces.

Arrêté ministériel du 19 juillet 1988. Son non respect est un délit.

Tous les mammifères marins sont protégés :

« La destruction, la mutilation, la capture ou l'enlèvement intentionnels incluant les prélèvements biologiques, la perturbation intentionnelle incluant l'approche des animaux à une distance de moins de 100 mètres dans les aires marines protégées mentionnées à l'article L. 334-1 du code de l'environnement, et la poursuite ou le harcèlement des animaux dans le milieu naturel» sont interdits en tout temps, sur tout le territoire national et dans les eaux marines sous souveraineté et sous juridiction françaises.

Arrêté ministériel du 1^er juillet 2011 modifié au 3 octobre 2020. Son non respect est un délit.

Une majorité d’espèces d’oiseaux est protégée. Il est interdit de les détruire et de les déranger, d’altérer leurs sites de reproduction. La destruction des nids (hirondelles, etc.) et des oeufs, leur vente ou achat sont également interdits.

La liste des espèces concernées figure à l’arrêté du 29 octobre 2009 (arrêté ministériel du 29 octobre 2009). Son non respect est un délit.