L’EBQI (Ecosystem-based Quality Index) est un outil précieux pour évaluer la santé des écosystèmes et guider les actions de gestion adaptées. Au sein du Parc marin, trois écosystèmes emblématiques sont étudiés : la roche infralittorale, l’herbier de Posidonie et le coralligène. Ces habitats se trouvent dans différents secteurs du parc, allant des côtes sableuses et rocheuses au large.

L’EBQI mesure l’état écologique global des écosystèmes en attribuant une note allant de « très bon » à « mauvais ». L’objectif est d’atteindre un « bon état écologique ». L’herbier de Posidonie, un excellent bioindicateur, est au cœur de ce suivi : la croissance, la densité et les débris végétaux de cette plante sont analysés pour évaluer la qualité des eaux côtières.

Pour étudier ces écosystèmes, les plongeurs utilisent des méthodes non destructives, comme les relevés de poissons, d’éponges ou de coraux, réalisés à l’aide de transects ou de quadrats. Chaque site nécessite entre 8 et 10 plongées, d’une durée de 40 minutes à 1h30, afin de collecter toutes les données nécessaires.

L’état écologique de la roche infralittorale et du coralligène a été mesuré en 2021 de Leucate à Cerbère au sein de 10 et 11 stations.

L'indicateur EBQI s'est révélé globalement moyen à médiocre hormis dans la réserve intégrale (bon pour le coralligène et très bon pour la roche infralittorale) ainsi que dans la réserve partielle au niveau du site des 3 moines, jugé bon pour la roche infralittorale.

La faible note du compartiment des poissons fait baisser la note générale de ces deux écosystèmes.
Seuls les sites au sein au sein de la Réserve naturelle marine de Cerbère-Banyuls ont une note satisfaisante, soulignant le bon état des populations de poissons.