Les espèces animales et végétales trouvent au sein du Parc des milieux propices pour se nourrir et se reproduire. La protection de cette biodiversité et de l’équilibre de ces écosystèmes est placée sous la responsabilité du Parc.

Dans le périmètre du parc naturel marin, la mer est sous l’influence du courant liguro-provençal, chargé en particules minérales et organiques. Ceci explique que les eaux soient particulièrement riches et qu'une multitude d'espèces colonisent les différents habitats retrouvés.

De très nombreuses espèces animales et végétales sont retrouvées au sein du Parc naturel marin.

Huit espèces sous-marines présentes au sein du Parc naturel marin sont protégées : La posidonie (Posidonia oceanica) et la cymodocée (Cymodocea nodosa), la patelle géante (Patella ferruginea), la grande nacre (Pinna nobilis), nacre épineuse (Pinna rudis), la datte de mer (Lithophaga lithophaga), la grande cigale de mer (Scyllarides latus), l'oursin diadème (Centrostephanus longispinus).

Tous les mammifères marins et les tortues sont protégés. Une majorité d’espèces d’oiseaux est également protégée.

D'autres espèces possèdent une réglementation spécifique.

Cette forte présence confirme le caractère d'exception de cette partie du golfe du Lion occidental.