Les espèces animales et végétales trouvent au sein du Parc des milieux propices pour se nourrir et se reproduire. La protection de cette biodiversité et de l’équilibre de ces écosystèmes est placée sous la responsabilité du Parc.

Dans le périmètre du parc naturel marin, la mer est sous l’influence du courant liguro-provençal, chargé en particules minérales et organiques. Ceci explique que les eaux soient particulièrement riches et qu'une multitude d'espèces colonisent les différents habitats retrouvés.

Plus de 1200 espèces animales et 500 espèces végétales sont retrouvées au sein du Parc naturel marin.

Sur les 10 espèces sous-marines qui bénéficient d'un statut de protection en France, 8 sont présentes au sein du Parc naturel marin. D'autres espèces possèdent une réglementation spécifique. Cette forte présence confirme le caractère d'exception de cette partie du golfe du Lion occidental.